Es el Órgano de Dirección ejecutiva de la Universidad en las áreas académica, económica, normativa y administrativa, al igual que en los campos de promoción y proyección de la Universidad.

Está integrado por el Rector, quien lo preside, el Vicerrector, los Decanos de las Facultades y el Director de la Escuela de Posgrado. También lo integran los representantes de los Estudiantes (en un número equivalente al tercio del total de los miembros del Consejo); y un representante de los graduados que no tenga vínculo laboral en la Universidad. El mandato de los representantes estudiantiles y graduados son de un año y no pueden ser reelegidos.

Las atribuciones del Consejo Universitario son:

• Aprobar los Reglamentos Intenos Especiales de la Universidad y el Reglamento de Elecciones.
• Proponer a la Asamblea Universitaria la creación, fusión, o supresión de Facultades, Escuelas o Secciones de Posgrado, Departamentos Académicos, Escuelas e Institutos.
• Ratificar los planes de estudio o de trabajos propuestos por las Facultades, Departamentos y demás unidades académicas.
• Conferir los Grados Académicos y Títulos Profesionales aprobados por las Facultades o Institutos, así como otorgar distinciones honoríficas, reconocer y revalidar los estudios de pre y post - grado, grados académicos y títulos profesionales de universidades extranjera, cuando la universidad está autorizada para hacerlo.
• Aprobar anualmente el número de vacantes para el concurso de admisión.
• Designar al Secretario General de la Universidad y a los funcionarios académicos que dependen del Rectorado, a propuesta del Rector; y a los funcionarios de las Facultades a propuesta del Decano respectivo.
• Declarar en receso temporal a la Universidad o las Facultades o Escuelas.
• Declarar en reorganización las Facultades, Escuelas y demás unidades académicas.
• Ejercer en instancia revisora, el poder disciplinario sobre los docentes, estudiantes y personal administrativo y de servicio.
• Designar la propuesta del Rector al Director de la Escuela de Posgrado
• Designar a propuesta del Rector, al Director del Centro Preuniversitario.
• Nombrar, contratar, remover y ratificar a los profesores de la universidad.
• Aprobar pactos en contrario con el personal docente ordinario por periodos renovables respecto a la jubilación obligatoria.

Rector

ING. JOSÉ ANTONIO CHANG ESCOBEDO.

Vicerrector

ING. RAUL EDUARDO BAO GARCIA.

Decanos

1. Dra. AMYBEL SÁNCHEZ DE WALTHER
   DECANO DE LA FACULTAD DE CIENCIAS DE LA COMUNICACION, TURISMO Y DE PSICOLOGIA


2. DR. ERNESTO ÁLVAREZ MIRANDA
   DECANO DE LA FACULTAD DE DERECHO


3. ING. LUIS CÁRDENAS LUCERO
   DECANO DE LA FACULTAD DE INGENIERIA Y ARQUITECTURA


4. DR. FRANK LIZARASO CAPARO
   DECANO DE LA FACULTAD DE MEDICINA HUMANA


5. MAG. HILDA BACA NEGLIA
   DECANA DE LA FACULTAD DE OBSTETRICIA Y ENFERMERIA


6. MAG. CARLOS ENRIQUE CAVA VERGIU
   DECANO DE LA FACULTAD DE ODONTOLOGIA


7. DR. DANIEL HERNAN VALERA LOZA
   DECANO DE LA FACULTAD DE CIENCIAS ADMINISTRATIVAS Y RECURSOS HUMANOS


8. DR. JUAN AMADEO ALVA GÓMEZ
   DECANO DE LA FACULTAD DE CIENCIAS CONTABLES, ECONOMICAS Y FINANCIERAS

Representación Estudiantil

• DIANA ALEJANDRA BUSTAMANTE MESONES

Representante de Graduados

• GUZMÁN ZUÑIGA, RAFAEL HÉCTOR